Nació el 26 de enero de 1813 en el Santo Domingo colonial (actual Ciudad Colonial) durante el periodo de la España Boba. Hijo de Juan José Duarte Rodríguez, un próspero comerciante español procedente de Vejer de la Frontera, Cádiz, España y Manuela Díez Jiménez, seibana hija de padre español y madre dominicana. Duarte fue el cuarto de once hermanos, siendo los más conocidos Vicente Celestino, comerciante de madera y Rosa Protomártir, quien se desempeñaba como periodista y maestra; ambos tuvieron una activa participación en la causa de su hermano.
El 16 de julio de 1838 Duarte fundó una sociedad secreta a la cual llamó La Trinitaria, que ayudó a socavar la ocupación haitiana. Algunos de sus primeros miembros incluyeron: Juan Isidro Pérez, Pedro Alejandro Pina, Jacinto de la Concha, Félix María Ruiz, José María Serra, Benito González, Felipe Alfáu y Juan Nepomuceno Ravelo (más adelante se unirían Matías Ramón Mella y Francisco del Rosario Sánchez, adquiriendo un rol protagónico junto a Duarte). Los trinitarios hacían su trabajo político a partir de una estructura celular clandestina. Los iniciados hacían el juramento de luchar por la independencia de la República Dominicana bajo el lema "Dios, Patria y Libertad".
En 1840 para sus actividades públicas constituyeron otra sociedad llamada La Filantrópica, que llevaba por lema "Paz, unión y amistad", y tenía una presencia más pública, tratando de difundir las ideas veladas de liberación a través de escenarios teatrales. Entre las obras que se llegaron a representar están: "Roma Libre" del dramaturgo italiano Vittorio Alfieri, "La viuda de Padilla" de Francisco Martínez de la Rosa, "Un día del año 23 en Cádiz" de Eugenio de Ochoa, entre otras. Luego de varios intentos fallidos, los trinitarios no se sentían a vasto y fundaron La Dramática. En esta tercera sociedad, todos los trinitarios ahora se dedicaban a la actuación.
Duarte murió el 15 de julio de 1876 en Caracas.
